Le 6e épisode met en scène le duo C3PO/R2 D2. Les deux droïdes en mission sur une planète dévastée par des tremblements de terre vont devoir aller au delà de l’aspect humanitaire et se serrer les coudes afin de comprendre les raisons de ces dévastations en série.
Episode de transition, l’histoire repose surtout les ressorts comiques et l’antagonisme entre D2 et 3PO. Ce dernier est toujours persuadé que ses actes sont la solution à leurs soucis, tandis que D2 est la véritable tête pensante du duo. Si l’on ajoute à cela les humiliations de la part des Clones envers « la dorure » (surnom peu amical donné au droïde de protocole), on obtient donc 20 minutes pauvres en action mais riches en bons mots, situations improbables et créatures très exotiques. Un ton léger qui va contraster avec les 4 épisodes suivants.
Les épisodes 7 à 10 forment un tout, presque un film d’une heure et quart. Cette fois, les clones sont clairement les vedettes, même si Anakin apparait dans les première minutes quand il lance l’assaut sur Umbara, une planète séparatiste plongée en permanence dans la nuit. Mais rappelé à Coruscant par le Chancelier Palpatine, il doit laisser la section 501 au général Krel, un jedi pour qui les clones ne sont que quantités négligeable et chair à canon.
Petit à petit, Rex et ses hommes vont s’apercevoir que Krel n’hésite pas à les sacrifier pour arriver à ses fins et qu’il ne mène pas la bataille comme peut le faire Anakin. Pire encore, malgré leurs actions héroïques, deux clones sont amenés devant un peloton d’exécution pour avoir contrevenu aux ordres du général.
Cette gestion inhumaine des clones va entraîner des tensions dans la section. Certains vont se rebeller, d’autres exécuteront sans sourciller les ordres.
Mais le plus grave reste à venir. Alors qu’il a poussé les clones à s’entretuer, Krel, démasqué, tente de s’enfuir, non sans avoir tué un nombre important de soldat. Il sera finalement capturé et avouera le pourquoi de sa conduite : ses pouvoirs de prémonition lui ont permis de voir que la guerre sera perdue par les Jedi, que la République va disparaître et qu’un nouveau pouvoir fort va se mettre en place. Krel anticipe donc la prise en main de la Galaxie par les Sith et cherche donc à se placer dans ce nouvel ordre à venir.
Il sera exécuté par l’un des clones qui lui était resté fidèle, mais dont le sentiment d’être trahi l’amènera à cette radicalité.
Les 4 épisodes s’enchaînent sans temps morts et permettent de plonger dans la psychologie des Clones qui, peu à peu, s’émancipent de leur programmation initiale. On note d’ailleurs qu’une fois leur casque enlevé, chacun cherche à différencier son visage par sa coupe de cheveux, ses tatouages.
L’action est également omniprésente et l’on peut voir une large panoplie des armes et des véhicules utilisés par l’armée de la République. La série Clone Wars approfondit tous les éléments que l’on a pu voir dans les quelques images des épisodes II et III sur cette guerre.
Il est intéressant de voir que les scénaristes peuvent tenir quasiment une heure sans utiliser les personnages principaux. Le nom « Guerre des Clones » prend alors tout son sens. Si l’on met de côté une référence à La menace Fantôme, quand un des soldats se rappellent comment Anakin a détruit un vaisseau de la Fédération, on navigue quasiment tout le temps en territoire connu.
Enfin, en montrant un général Jedi retors et tenté par le côté obscur, l’histoire renoue avec l’idée du pouvoir corrupteur. Parce qu’il n’a de comptes à rendre à personne, Krel plonge petit à petit vers le mal. Son mépris des clones, qu’il n’appelle que par leur matricule, s’en trouve renforcé. Cet aspect démontre aussi que tout au sein de la République ne partage pas ses valeurs.
Au final, ces 4 épisodes sont largement l'un des sommets de la série, toutes saisons confondues !!